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一對相斥存在，兩種神的基因，三個國家，無盡慾望。在末日後的未來，人類形成了三個分支，其一是現代人類與機械的混合體，生活在「方舟」所建成的機械都市裡；其一是厄克德娜細胞改造成的「清醒者」，在沙漠的邊陲聚居，擁有適應力極強的外骨骼及強健的身軀；其一是擁有神之基因──「神因」的紐曼人，生活在沙漠中的石造巨城中，擁有操控萬物的「共感」及分享彼此意識的精神世界。三支種族，三個國家，在資源匱乏的荒原比鄰而居，維持一百多年的脆弱和平。為了進一步鞏固得來不易的和平，紐曼國的女王伊萊亞•星生決定親赴和平經貿區，與人類總統簽訂和平協定，卻不知陰謀在暗處，伺機而動……

藍星年324年，生命星球藍星地表下200公里處，一個極隱密的基地，也可稱為人類的第二文明世界，生活在第二文明世界的人類，演化已經邁入第50紀元...「演化者」—— 地球表面沒有人知道演化者的存在，他們是人類在前進宇宙中發展出的新族群，人類正一步一步邁向未知星空。

那天，雪花在夏季降落。那天，日落成為了最後一次的美景。那天，黑夜永無止盡的覆蓋整個地球。直到最後，他目睹了人類的滅亡。在文明的盡頭，到頭來只有自食惡果。安諾與家人前往避難所移動，在短短一天的時間，全球的人口產生劇烈的變化，各國死亡人數以倍數成長的攀升。凜冬將至，他也沒想過那一天，是他最後一次見到太陽，它熄滅了。倖存於地底的人類為了生存與管理，再次擬定新的規定，為了讓人們重新擁有地面上的生存權，他們記取教訓，再次挑戰自己的未來。參與自由公民計畫的安諾，與其他人一同經歷七年的光陰，最終，能否再次綻放自由的翅膀呢？

誰，才是第三者......？