「──我問妳，妳是我的魔法少女嗎？」

那是，讓人一瞬間難以理解的朦朧光景。
在灰塵瀰漫，形同廢墟的水泥殘垣當中，穿著銀白色騎士盔甲的蜥蜴就這樣站在我面前。

 

平凡的女子高中生由加。

某天突然被自稱理查的蜥蜴聖騎士纏上，用幾乎是詐欺的方式拐騙由加與他簽訂契約成為魔法少女。

揭開潛藏在現代社會底下蠢蠢欲動的神祕事件。

兩人從此展開一連串狩獵魔女的不可思議冒險旅程──

結城來夏期盼著在高中畢業後，能離開現在所居住的偏僻山村──神命村。

本來和同伴歡笑渡過每一天的普通生活，卻在畢業前夕，村裡突然出現了長得像是自己早已死去的妹妹──冬笑後一切都變了樣。

那如同樹人般的殺人怪物，在殺了班導後，就這樣隱藏在一片山林之中。當村裡為此騷動不已時，青梅竹馬三人中的耕一，選擇在此時向她揭開了村裡面的大人們皆信奉著邪教的這個事實，並流傳著不可告人的習俗──凡是長大後想離開村子的孩子都得殺死…

七十四年前，世界受到隕石撞擊及附著其上的微生物污染，植物枯萎，水變得黏稠而失去光澤，人類文明亦因此嚴重倒退。在飲用水受到污染的情況下，人類的平均壽命縮短至48歲。

然而，同樣受到污染而誕生的蟻型生物RU具備非常高的經濟價值，其體液名為新水，可取代目前已受污染的飲用水，但數量稀少，僅有貴族才有機會飲用。

住在貧富差距極大的沙漠城都市，跟著政府組建的隊伍狩獵RU賺取微薄薪資，RU獵人於是誕生…

家境優渥的女孩，曾經養過一隻名為托尼的俄羅斯藍貓，托尼有著一對琥珀色的美麗眼睛，性格高雅而聰明，有著如同紳士般的舉止。

某天，隔壁的醜漢突然提著一袋硬幣前來拜訪，表示想購買托尼作為女兒的生日禮物後，然而，就在當天晚上，看似幸福美滿的家庭卻在一夕之間破滅了…

暑假被雙親安置到外婆家的少年，每天在偏僻的山村中渡過閒雲野鶴般無所事事的鄉村生活。某日，他下定決心前往車站附近的森林進行探險，意外地發現了只有退潮時才會出現的藍洞，並與受傷人魚汐姬相遇...
少年似乎遇見了美麗的人魚童話，但同時也體驗了慘無人道的社會。
轉眼二十年，當初與汐姬分開之際彼此將貝殼各持一半作為符契，如今再合體，符契 上的字句，卻道盡了少年多年來，來不及挽回的痛…